Trong hai thế kỷ đầu Công Nguyên, hầu như chỉ các quan chức La Mã địa phương là người ra lệnh bách hại các Kitô hữu. Vào thế kỷ thứ hai, các hoàng đế coi Kitô giáo là vấn đề địa phương cho cấp dưới xử lý.[103] Số lượng và mức độ bách hại ở nhiều nơi trong đế quốc dường như tăng dưới thời trị vì của Marcus. Ở chừng mực nào mà các cuộc bách hại này do chính Marcus điều động, khuyến khích hay ý thức được thì lại không rõ ràng và các sử gia vẫn còn đang tranh luận về điều này.[104] Nhà hộ giáo thời sơ khởi Justinô Tử đạo ghi lại trong cuốn Hộ giáo đầu tiên (khoảng từ 140 tới 150 CN) một bức thư của Marcus Aurelius gửi đến viện nguyên lão La Mã (trước khi ông lên ngôi hoàng đế) kể về một chiến địa mà tại đó Marcus tin rằng lời cầu nguyện của các Kitô hữu đã cứu đoàn quân của ông khỏi chết khát khi mà "nước đổ xuống từ thiên đường", và rồi "chúng tôi tức khắc công nhận sự hiện diện của Thiên Chúa". Tiếp tục bức thư, Marcus đề nghị viện nguyên lão dừng lại tiến trình bách hại Kitô hữu trước đó.[105]